অতিরিক্ত নাইট্রোজেন সার ব্যবহারে সাধারণত গাছের কোষপ্রাচীর পাতলা হওয়ায় কাঠামোগত শক্তি কমে যায়। গাছের কাণ্ড স্বাভাবিকের চেয়ে লম্বা ও নরম হয় এবং কাণ্ডের চেয়ে পাতা বেশি ভারী হয়। ফলে গাছ সহজেই হেলে পড়ে। এ অবস্খায় গাছের প্রতিরোধ শক্তি কমে যাওয়ায় রোগ ও পোকামাকড় সহজেই আক্রমণ করতে পারে। পাতার রঙ কালচে সবুজ হয়ে যায়। পাটের আঁশের মান কমে যায়। নাইট্রোজেন বেশি হওয়ার সাথে সাথে ফসফরাস ও পটাশিয়াম কম থাকলে ফুলের বৃদ্ধি কমে যায়, দানাজাতীয় ফসলের পুষ্ট হতে সময় বেশি লাগে। টমেটোর ফলন কমে যায়, সুগারবিটের চিনির পরিমাণ কমে যায়। আলুতে পানির পরিমাণ বেড়ে যায়। ফসলের শিকড়ের বৃদ্ধি কম হতে পারে এবং ফসলও অনিয়মিতভাবে পাকতে পারে।
নাইট্রোজেনজাতীয় সার বেশি ব্যবহারে মাটিতে বোরণ, জিঙ্ক ও কপারের ঘাটতি হয়। মাটিতে বোরণের ঘাটতি হলে ধানের সবচেয়ে কচি পাতা ও তার পরের পাতায় সাদা সাদা দাগ পড়ে। দাগগুলো একত্রে মিশে বড় আকার ধারণ করে শুকিয়ে যায়। নতুন পাতা বের হয় না। এতে ধান গাছ খাটো হয়ে যায়। গমের পাতায় হলুদাভ দাগ দেখা দেয় এবং গমের শীষ পুরোপুরি বের হয় না। শীষে যেসব দানা হয় সেগুলো ঠিকমত পুষ্ট হয় না। চিটার ভাগ বেশি হয়। ভুট্টার পাতার শিরার মাঝের অংশে সাদা সাদা দাগ দেখা যায়, যা পরে শুকিয়ে পত্রফলক ফেটে যায়। পাটের পাতা বিকৃত হয়। বোরণের ঘাটতি হলে ফুলকপির চারার পাতা বেশ পুরু হয়ে যায়। চারা বেঁটে হয়। ফল বা কার্ডে ভেজা ভেজা দাগ পড়ে। দাগগুলো পরে পচে যায়। ফুলের নিচের কাণ্ডে ভেতরের অংশে ফাঁপা দেখা যায়।
বোরণের ঘাটতি হলে মূলা ও গাজর বড় হয় না। কিছুটা বড় হলেও ফেটে যায়। শিম ও বরবটির পাতা গাঢ় সবুজ ও ভঙ্গুর হয়। ফুল দেরিতে আসে ও শুঁটিতে বীজ হয় না। কিছু বীজ হলেও সেগুলো বড় হয় না বা পুষ্ট হয় না। আলুর খোসা খসখসে হয় ও গায়ে ফাটল দেখা যায়। বেগুন ও টমেটো ফল কুঁকচে যায় এবং ফল ফেটে যায়। বোরণের ঘাটতি হলে পিঁয়াজের পাতা শুকিয়ে নিচের দিকে গুটিয়ে গোল হয়ে যায়। বাঁধাকপির পাতা চার দিকে ছড়িয়ে পড়ে, ভেতরের দিকে গুটানো স্বভাব নষ্ট হয়ে যায়। একটির ওপর আরেকটি বাঁধে না। সরিষার ফুল ও শুঁটির গঠন ঠিকমতো হয় না। দানাও পুষ্ট হয় না।
বোরণের ঘাটতি হলে নারকেলের ফুল ও কড়ি ঝরে যায়। বোঁটার কাছাকাছি কালো হয়ে চুপসে যায় ও ফেটে যায়। কচি আম ফেটে যায়। কখনো কখনো পরিপক্ব হওয়ায় আগে আগে বড় আকারের আম ফেটে যায়। পেঁপের ফলের বিকৃতি দেখা দেয়। পেঁপের ফল আঁকাবাঁকা হয়ে যায় বা কুঁচকে যায়।
মাটিতে জিঙ্কের অভাব হলে ধানগাছের কচি পাতা সাদা হয়ে যায়। ধানগাছের অন্য পাতা হলুদাভ ও পাতার আগার দিকে বাদামি রঙের দাগ দেখা দিতে শুরু করে। অভাব তীব্র হলে পুরাতন পাতায় মরিচা পড়ার মতো দাগ দেখা যায়। পুরো ক্ষেত মরিচা পড়া বাদামি রঙের মতো হয়ে যায়। ক্ষেতে কোথাও ধানের চারা বড় হয়, আবার কোথাও ছোট হয়। ধানের পাতার আকার ছোট হয়। পুরোনো পাতার কিনারা শুকিয়ে যায়। গমগাছের পাতায় বাদামি রঙের ছোপ ছোপ দাগ দেখা যায়। ফলগাছে ফুল দেরিতে আসে, ফলও দেরিতে ধরে।
কপারের অভাবে কচিপাতা প্রথমে বিবর্ণ হয়। পরে পাতার কিনারা বরাবর হলুদ হয়ে যায়। কাণ্ডের ডগা শুকিয়ে যায়। কাঠজাতীয় গাছে হলে সেটি হয় আগামরা রোগের লক্ষণ। দানাজাতীয় শস্যে এর তীব্র অভাব হলে শিকড়ের বৃদ্ধি কমে যায়। ফুল আসার আগে গাছ শুকিয়ে বা মরে যেতে থাকে। গম ফসলের নতুন পাতায় পাণ্ডু রোগ হয়। পাতার কিনারা বরাবর রঙ হলুদাভ হতে শুরু করে। কুশিও কম হয়। চারা অবস্খায় ভুট্টার পাতার আগা হলুদ হয়ে যায়। পরে গাছে আগামরা রোগ দেখা দেয়। আলুগাছ বেঁটে হয়ে যায় এবং গাছ গাঢ় সবুজ রঙ ধারণ করে। টমেটোগাছ বেঁটে হয়, পাতা ছোট হয়, ফুল ঝরে পড়ে এবং ফলও কম ধরে। লেবুগাছের চামড়া বা ছালের নিচে আঠার মতো থলি তৈরি হয় এবং ফল ফেটে যায়।
